Membre du collectif de professionnels de santé auteur de deux tribunes publiées cet été pour pousser à la prise en compte de la contamination par aérosol avec notamment le port du masque en lieux clos, le Docteur Yvon Le Flohic est médecin généraliste et ancien membre de la cellule de veille épidémiologique de la grippe H1N1. Depuis plusieurs mois déjà, il questionne la stratégie de dépistage fondée sur les tests RT-PCR. Il explique aujourd’hui pour Industrie & Technologies en quoi l’usage actuel de ces tests de diagnostic pour évaluer la contagiosité des personnes est inefficace et impose des quatorzaines inutiles. Avec la croissance du nombre de nouveaux cas, il alerte sur le coût socio-économique de la multiplication des confinements individuels. Repenser la doctrine française s’impose.
Industrie & Technologies : Vous vous interrogez sur l’inadéquation du dépistage par RT-PCR du Covid-19 pour identifier les patients contagieux. Pourquoi ?
Dr. Yvon Le Flohic : Le test RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngé est le principal, sinon le seul, test dont nous disposons. C’est lui qui façonne notre vision de l’épidémie. Mais comme tout test médical, il a ses caractéristiques et ses limites, notamment en termes de sensibilité et de spécificité, qui doivent déterminer son usage. Il n’est pas question de remettre en question la puissance de la technique de RT-PCR, mais il faut comprendre que l’on utilise les tests RT-PCR comme un test de contagiosité sans prendre en compte leurs limites en la matière. Ce qui fait que les tests RT-PCR pratiqués actuellement en France sont de mauvais tests de contagiosité. Or c’est sur eux que l’on se base pour isoler les personnes infectées – ce qui peut avoir de lourdes conséquences personnelles et sociales – et pour, conjointement avec les mesures de prévention comme le port du masque, ralentir la propagation de l’épidémie. L’enjeu est donc majeur, d’autant plus que l’augmentation des nouveaux cas continue.
En quoi les tests RT-PCR sont-ils de mauvais tests de contagiosité ?
Tout d’abord, le test RT-PCR n’est pas un test de la présence du virus mais un test de la présence de séquences génétiques du virus. Or les personnes peuvent excréter des séquences virales sans pour autant excréter de virus vivants. C’est une première raison qui fait que l’on peut être positif à la RT-PCR sans pour autant être contagieux. Par exemple 20, 30 voire 45 jours après le début des symptômes. Deuxième raison : la RT-PCR fonctionne par répétition de cycles de multiplication de la quantité des séquences génétiques cibles présentes dans l’échantillon d’origine jusqu’à atteindre une quantité détectable. C’est ce qui fait la puissance de cette technique : en poussant le nombre de cycles, on peut arriver à détecter de très petites quantités de matériel génétique. Mais c’est aussi un écueil pour mesurer la contagiosité. Car il faut qu’une personne excrète une dose minimale de virus pour qu’elle puisse être contagieuse. C’est le cas pour toute maladie virale : il faut être en contact avec une quantité minimale de virus, ce que l’on appelle l’inoculum, pour être infecté. Avec les dizaines de cycles de PCR utilisés dans les labos pour les tests, on peut très bien sortir positif alors qu’on n’excrète qu’une trop faible quantité de virus pour être contagieux ou à tout le moins pour être fortement contagieux.
Il y a aussi une question de « timing » : on teste parfois trop tôt et souvent trop tard…
La cinétique de l’excrétion du virus n’est effectivement pas bien prise en compte. La quantité de virus excrétée par une personne infectée part de zéro, augmente, atteint un pic puis redescend progressivement, avec parfois des oscillations autour du niveau bas. La pertinence d’un test RT-PCR dépend donc du moment auquel il est réalisé. Si c’est trop proche de la date de contamination, la quantité de virus sera trop faible pour être détectée par la PCR. Le test sera négatif alors que, quelques jours plus tard, la personne excrètera plus de virus et sera contagieuse. C’est pour cela que l’on préconise généralement pour les cas contacts un test 7 jours après la contamination potentielle. D’autre part, on estime aujourd’hui que la plupart des contaminations interviennent entre 2 jours avant l’apparition des symptômes et 7 jours après (hors cas sévères). Environ 50% des contagions auraient lieu avant le début des symptômes. Cette cinétique est à mettre en relation avec la politique actuelle envers les clusters : le temps de constater des symptômes, d’enregistrer au moins 3 cas positifs, de retracer leurs contacts, de les faire tester et d’obtenir les résultats, on va probablement finir par mettre en quatorzaine des personnes au moment où ils ne sont plus ou presque plus contagieux. C’est à la fois peu efficace pour éteindre les clusters et inutilement pénalisant pour la société.
Est-il possible de mieux tester la contagiosité ? Y a-t-il des alternatives à la RT-PCR ?
Il n’y a pas vraiment d’alternative à la détection du virus par son matériel génétique via la RT-PCR. Les tests sérologiques n’ont pas d’utilité en matière de contagiosité et la troisième catégorie de tests, la détection antigénique, n’est pas là. Mais on peut utiliser la RT-PCR différemment et modifier la politique de dépistage (la doctrine d’emploi) pour tenir compte des caractéristiques des tests et de ce que l’on sait de la contagiosité. En termes de stratégie, plutôt que le dépistage massif et aveugle vers lequel on s’est orienté, il serait plus judicieux de réellement intégrer le fait que l’épidémie se propage majoritairement de lieux clos en lieux clos plutôt que de façon inter-individuelle. Cela voudrait dire cibler le dépistage sur les clusters potentiels. En réalisant des tests plus rapidement, plus facilement et de façon répétée dans le temps pour être le plus réactif possible. Voire pour être préventif. C’est possible d’aller dans cette direction.
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